La mayor parte de las explicaciones subrayan su origen prerromano y se centran fundamentalmente en voces vascas con la posposición del elemento -be 'bajo', 'suelo', considerado igualmente vasco: de ahier 'arce' ('arces de abajo'); de atari 'portal', `paso' (el 'paso de abajo'). Para Celdrán (2002: 99), "acaso del vasco aiñar 'brezo' a través de una variante de ayar: ayer".

Para Coromines (1981, I: 196-197 y posteriormente en OnCat (IV, 348, s. v. Gerb), Ayerbe es un compuesto vasco agírre-be 'sota els paratges oberts', en donde el primer elemento es una base prerromana vascoide agirr-, agerr- con el significado de 'manifiesto, patente, abierto' y también 'expuesto (al viento, etc)' y el segundo es el elemento -be pospuesto. Esta hipótesis, sin embargo, plantea varios problemas. En primer lugar, y desde el punto de vista fonético, es difícil de justificar tanto en vasco como en romance la palatalización de la velar sonora. En segundo lugar, no consta ninguna formación de agerri, agirre, agerre con -be.

Irigoyen (1986: 205-206) propuso el apelativo vasco aiher 'cuesta', 'inclinación, 'pendiente' y el elemento -be con el sentido de 'bajo la cuesta'. Esta misma interpretación se recoge en Lacasta (1994: 180-181).

La situación de Ayerbe parece confirmar la etimología ‘bajo la cuesta’ propuesta para el topónimo. Según la descripción que proporciona Madoz (DicMadoz, s. v. Ayerbe), el lugar “se halla próximo al nacimiento del río Vadillo en un llano, a la vértice de un cerro que la defiende de los vientos de oeste”. Este cerro recibe el nombre de monte San Miguel y en su cima se erigió el antiguo castillo, del que apenas quedan unos cimientos. Como estudió Antonio Ubieto (1952: 4-5), “hay que suponer que el castillo nacería en una época en que los musulmanes pudiesen temer un ataque de los cristianos asentados en las montañas pirenaicas […]. Hacia esa época, pues, deberemos colocar los comienzos de Ayerbe como entidad de población, ya que el establecimiento de una guarnición musulmana para vigilar los posibles movimientos guerreros cristianos atraería una serie de personas relacionadas con los soldados, dando origen a la construcción de un castrum en el actual barrio de Lugaré”.