Eliza procede de un anterior eleiza, forma no documentada en el topónimo navarro, dado que el paso eleiza > eliza debió ser aquí temprano. El nombre muestra la simplificación del grupo muta cum liquida (-cl- > -l-) que ha sido tratado en euskera como si fuera una lateral fortis y no ha pasado en ningún lado a tap (/ɾ/), es decir, no hay nada, que sepamos, del tipo de *ereiza, *eriza. Se ve claramente, y esto quizás haya ocurrido en latín tardío, antes de la incorporación de la palabra al euskera, que hubo una metátesis eclesia > *ecleisa, de donde eleiza > eliza. El tratamiento de la sibilante latina como dorsal  en euskera (/s̻/) es habitual. Esto se debe, según Mitxelena (1968), a que la pronunciación de la s latina estaba más cerca de la pronunciación de la s francesa actual que de la s castellana.

Se puede observar que en los testimonios más tempranos se mantenían la vocal final del primer elemento del compuesto y la inicial del segundo (Eliçaondo), pero que para 1452 ya tenemos la forma actual, escrita Eliçondo.